Secara historis terbunuhnya sayidina ‘Ali yang di eksekusi oleh kelompok Khawarij yaitu Abdullah bin Muljam, kenapa hal ini sampai terjadi dan kenapa Abdullah bin Muljam ini sampai tega membunuh Sayidina ‘Ali padahal ia adalah orang yang pandai dan cerdas secara keilmuan tentang agama, ini disebabkan salah satunya karena paradigma atau pola pikir, keyakinan tauhid dari Abdullah bin Muljam yang tidak bisa memahami perbedaan yang terjadi pada masa itu, serta fanatisme yang berlebihan, mudah terpengaruh maupun terinspirasi dengan munculnya berita berita pada masa itu, sehingga mudah terpropokasi maupun terinspirasi  dan terjadilah operasi pemikiran atau doktrinasi pemikiran.

Kemudian apa saja penyebab terjadinya perbedaan antar umat islam pada masa itu, yang mana hal akan penulis jelaskan antara lain, sebagai berikut.

1.     Primordialisme kesukuan yang merupakan warisan jahiliyah

Fanatisme kesukuan ini yang menyebabkan perselisihan dan persaingan antar suku yang mengakibatkan pertumpahan dara yang berlarut larut tanpa ada akhirnya.

2.     Perebutan kepemimpinan

Setelah masa kepemimpinan Usman bin Affan, umat islam mulai terpecah belah dan membentuk kelompok kelompok sendiri. Pada massa itu  rakyat mempercayakan pemerintahan kekuasaan pada Khalifah ‘Ali bin Abi Thalib sebagai pengganti Khalifah Usman bin Affan. Akan tetapi kelompok mu’awiyah memproklamirkan diri sebagai khalifah yang berkedudukan di Damsyik dengan dukungan Kaum Keluarganya dan pengikutnya. Sementara itu di Makkah, Thahlah, Zubair dan Aisyah Tidak menyetujui penobatan Ali bin Abi Thalib sebagai khalifah.

3.     Persinggungan dengan agama lain

4.     Penerjemahan materi-materi filsafat

Hal ini seperti yang dilakukan oleh kelompok Mu’tazilah yang sangat mendewakan akal bagaimana menginterpretasikan suatu hukum-hukum dalam Qur’an.

5.     Mengkaji permasalahan yang sulit dipahami oleh akal

6.     Metode penafsiran terhadap ayat ayat mutasyabihat

7.     Istinbaht al-ahkam.